L'istituzione della bandiera della Marina Militare, nella sua veste attuale, risale al 9 novembre 1947. La storia della bandiera navale militare italiana descrive un percorso molto affascinante che si intreccia inevitabilmente con quello del tricolore italiano, talvolta sovrapponendosi ad esso visto che per ottantasette anni la bandiera navale italiana è stata anche l'insegna ufficiale del Governo Italiano.
Il primo tricolore italiano vide la luce tra la fine del 1796 e l'inizio del 1797 nel corso del congresso di Reggio Emilia, dove, a seguito della sconfitta dell'esercito austriaco ad opera dell'Esercito d'Italia guidato dal generale francese Napoleone Bonaparte, fu deciso di adottare, per la neo repubblica italiana, un tricolore simile a quello francese, verde bianco e rosso a bande orizzontali. Questa bandiera venne poi solennemente inaugurata a Milano il 9 luglio del 1797, e ufficializzata con un decreto nel maggio del 1798 quale bandiera del nuovo Stato.
Nei successivi cinquanta anni il tricolore subì diverse modifiche geometriche, ma si costituì negli anni quale emblema unico del sentimento di nazionalità italiana fino al 1° agosto 1848, quando la bandiera tricolore italiana, questa volta a bande verticali, venne per la prima volta descritta nel Decreto luogotenenziale n° 753. Così la bandiera nazionale diventò quella voluta da Carlo Alberto di Savoia: tricolore verde bianco e rosso, caricato con lo scudo sannitico sabaudo, contornato di una banda azzurra, al centro della banda bianca.
Nascono qui le peculiarità della bandiera navale militare. Infatti cinque mesi prima del citato decreto, le bandiere del naviglio da guerra furono invece regolate da una regia patente con la seguente espressione:
"Le nostre navi da guerra e le navi della nostra marineria mercantile inalbereranno qual bandiera nazionale la bandiera tricolore italiana (verde, bianco e rosso) collo Scudo di Savoia al centro. Lo scudo sarà sormontato da una corona per le navi da guerra".
È singolare osservare che la bandiera navale militare diventò quindi la prima bandiera tricolore del regno a contenere la regia corona, e anche l'unica fino al 1860. Con Regio Decreto del 25 marzo 1860 venne definitivamente regolamentata la Bandiera del nascente stato unitario, stabilendo che la Bandiera civile, così come quella della Marina mercantile, avrebbero portato il solo scudo di Savoia; quella dell'Esercito lo scudo sormontato dalla regia corona senza il tocco rosso (cioè il panno rosso all'interno della corona); quello della Marina da guerra, e dello stesso Governo, lo scudo sormontato dalla corona regia con il tocco rosso. Su tale base, la Bandiera della Marina può essere considerata la prima insegna ufficiale del Governo italiano. La coincidenza fra le due bandiere era giustificata dal fatto che, nell'ambito del Governo, lo stesso Ministero della Marina era stato distaccato da quello della Guerra e aggregato alla Presidenza del Consiglio dei Ministri. È da osservare inoltre come negli edifici pubblici in Italia, così come nelle legazioni italiane all'estero, risultasse invalso l'uso della Bandiera della Marina con il tocco rosso. La definizione normativa di queste bandiere rimarrà sostanzialmente invariata per ottantasette anni.
Bisogna infatti arrivare al 1947, quando, in seguito alla mutata forma dello Stato, la Bandiera Nazionale perse al centro della striscia di colore bianco lo scudo dei Savoia. Il decreto legislativo del 9 novembre n. 1305, istituì quindi le nuove bandiere navali per la Marina Mercantile e per la Marina Militare descrivendole così:
"Per la Marina. Militare, la bandiera navale è costituita dal tricolore italiano, caricato, al centro della banda bianca, dall'emblema araldico della Marina Militare, rappresentante in quattro parti gli stemmi delle Repubbliche marinare (Venezia-Pisa-Genova-Amalfi) e sormontata da una corona turrita e rostrata.
Per la Marina Mercantile, la bandiera navale è costituita dal tricolore italiano, caricato, al centro della banda bianca, dallo stemma araldico indicato nel precedente comma, senza corona turrita e rostrata, e con il Leone di San Marco con libro, anziché con spada."
Il tricolore italiano e la bandiera navale della Marina Militare da allora non hanno subito sostanziali modifiche. È importante osservare che le caratteristiche cromatiche del tricolore sono state definitivamente e univocamente individuate quasi cinquant'anni dopo nel 2006 con un Decreto del Presidente del Consiglio dei Ministri: verde felce (Pantone tessile 17-6153 TCX), bianco acceso (Pantone tessile 11-0601 TCX) e rosso scarlatto (Pantone tessile 18-1662 TCX). Infine l'ultima modifica riguarda lo stemma araldico della Marina Militare. Dalla sua istituzione nel 1947, sebbene tutte le bandiere prodotte nel tempo hanno ricalcato dei canoni formali comuni nella grafica, esso non ha avuto una normativa precisa a definirne i dettagli rappresentativi, fino al 2012 quando il Foglio d'Ordini della Marina n. 52 del 16 dicembre 2012 ne ha definito forme e dettagli rinnovati.
